GMX 命令分类列表

  1. 建模和计算操作命令:
    1.1 . 创建拓扑与坐标文件
    gmx editconf - 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups)
    gmx protonate - 结构质子化
    gmx x2top - 根据坐标生成原始拓扑文件
    gmx solvate - 体系溶剂化
    gmx insert-molecules - 将分子插入已有空位
    gmx genconf - 增加”随机”取向的构象
    gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子
    gmx genrestr - 生成索引组的位置限制或距离限制
    gmx pdb2gmx - 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件
    1.2 文件转换
    gmx editconf - 转换和操控结构文件
    gmx eneconv - 转换能量文件
    gmx sigeps - 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来
    gmx trjcat - 连接轨迹文件
    gmx trjconv - 转换和操控轨迹文件
    gmx xpm2ps - 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPM
    1.3. 运行模拟
    gmx grompp- 生成运行输入文件
    gmx mdrun - 执行模拟, 简正分析或能量最小化
    gmx convert-tpr - 生成修改的运行输出文件
    1.4. 查看轨迹
    gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹
    gmx view - 在 X-Windows 终端显示轨迹
    2.结果分析命令
    2.1. 分析轨迹
    gmx gangle - 计算角度
    gmx distance - 计算两个位置之间的距离
    gmx freevolume - 计算自由体积
    gmx sasa - 计算溶剂可及表面积
    gmx select - 打印选区的通用信息
    2.2. 处理能量
    gmx enemat - 从能量文件中提取能量矩阵
    gmx energy - 将能量写入 xvg 文件并显示平均值
    gmx mdrun - 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量
    2.3. 结构间的距离
    gmx cluster - 对结构进行团簇分析
    gmx confrms - 叠合两个结构并计算 RMSD
    gmx rms - 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵
    gmx rmsf - 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子
    2.4. 结构性质
    gmx anadock - 根据 Autodock 运行计算团簇结构
    gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋
    gmx clustsize - 计算原子团簇的尺寸分布
    gmx disre - 分析距离限制
    gmx hbond - 计算分析氢键
    gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量
    gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴
    gmx rdf - 计算径向分布函数
    gmx saltbr - 计算盐桥
    gmx sorient - 分析溶质周围的溶剂取向
    gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化
    2.5. 结构中的距离随时间的变化
    gmx mindist - 计算两组间的最小距离
    gmx mdmat - 计算残基接触映射图
    gmx polystat - 计算聚合物的静态性质
    gmx rmsdist - 计算-2, -3 或-6 次平均的原子对距离
    2.6 分布性质随时间的变化
    gmx gyrate - 计算蛋白质的回旋半径
    gmx msd - 计算均方位移
    gmx polystat - 计算聚合物的静态性质
    gmx rdf - 计算径向分布函数
    gmx rotacf - 计算分子的转动相关函数
    gmx rotmat - 计算叠合到参考结构的旋转矩阵
    gmx sans - 计算小角中子散射谱
    gmx saxs - 计算小角 X 射线散射谱
    gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能
    gmx vanhove - 计算 Van Hove 位移及相关函数
    2.7 动力学性质
    gmx bar - 利用 Bennett 接受比率方法计算自由能差的估计值
    gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数
    gmx dos - 分析态密度及相关性质
    gmx dyecoupl - 从轨迹中抽取染料动力学
    gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴
    gmx tcaf - 计算液体的粘度
    gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能
    gmx vanhove - 计算 Van Hove 位移及相关函数
    gmx velacc - 计算速度自相关函数
    3.其他分析命令
    3.1 静电性质
    gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数
    gmx dielectric - 计算频率相关的介电常数
    gmx dipoles - 计算总偶极及其涨落
    gmx potential - 计算盒子内的静电势
    gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化
    gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子
    3.2. 蛋白质分析
    gmx do_dssp - 指定二级结构并计算溶剂可及表面积
    gmx chi - 计算 chi 和其他二面角的所有信息
    gmx helix - 计算α螺旋结构的基本性质
    gmx helixorient - 计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向
    gmx rama - 计算 Ramachandran 图
    gmx wheel - 绘制螺旋轮图
    3.3 界面
    gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋
    gmx density - 计算体系的密度
    gmx densmap - 计算二维的平面或轴径向密度映射图
    gmx densorder - 计算表面涨落
    gmx h2order - 计算水分子的取向
    gmx hydorder - 计算给定原子周围的四面体参数
    gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量
    gmx potential - 计算盒子内的静电势
    3.4 协方差分析
    gmx anaeig - 分析简正模式
    gmx covar - 计算并对角化协方差矩阵
    gmx make_edi - 生成主成分动力学抽样的输入文件
    3.5 简正模式
    gmx anaeig - 分析简正模式
    gmx nmeig - 对角化简正模式分析的 Hessian 矩阵
    gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹
    gmx nmens - 根据简正模式生成结构系综
    gmx grompp- 生成运行输入文件
    gmx mdrun - 搜索势能最低点, 计算 Hessian 矩阵
    3.6 各类工具
    gmx analyze - 分析数据集
    gmx dyndom - 结构旋转的内插和外推
    gmx filter - 轨迹频率滤波, 用于制作平滑的动画
    gmx lie - 根据线性组合估计自由能
    gmx morph - 构象间的线性内插
    gmx pme_error - 根据给定的输入文件估计使用 PME 的误差
    gmx sham - 根据直方图计算自由能或其他直方图
    gmx spatial - 计算空间分布函数
    gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能
    gmx tune_pme - 计算 mdrun 的运行时间与 PME 进程数的关系以优化设置
    gmx wham - 伞形抽样后进行加权直方分析
    gmx check - 检查并比较文件
    gmx dump - 生成人类可读的二进制文件
    gmx make_ndx - 制作索引文件
    gmx mk_angndx - 生成用于 gmx angle 的索引文件
    gmx trjorder - 根据到参考组原子的距离对分子排序
    gmx xpm2ps - 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPM
    gmx angle - 计算键角和二面角的分布及相关
    gmx mk_angndx - 生成用于 gmx angle 的索引文件

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